中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)是我國(guó)現(xiàn)代農(nóng)業(yè)高等教育的起源地，其歷史起自于京師大學(xué)堂農(nóng)科大學(xué)。1898年，中國(guó)近代意義上第一所國(guó)立綜合性大學(xué)——京師大學(xué)堂建立，1905年，作為京師大學(xué)堂八個(gè)分科大學(xué)之一的農(nóng)科大學(xué)開(kāi)始籌建，這是形成中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)的最早源頭。
從1905年到1949年，學(xué)校經(jīng)歷了晚清、北洋和國(guó)民政府三個(gè)時(shí)期，校名和組織機(jī)構(gòu)也隨政局變遷不斷演變。
1914年2月，農(nóng)科大學(xué)改組為國(guó)立北京農(nóng)業(yè)專(zhuān)門(mén)學(xué)校，開(kāi)始獨(dú)立辦學(xué)，以“教授農(nóng)業(yè)高等學(xué)術(shù)，養(yǎng)成專(zhuān)門(mén)人才”為辦學(xué)宗旨，是當(dāng)時(shí)北京著名的國(guó)立八校之一。1923年3月，北京農(nóng)業(yè)專(zhuān)門(mén)學(xué)校改為國(guó)立北京農(nóng)業(yè)大學(xué)，以“ 改進(jìn)農(nóng)業(yè)及農(nóng)民生活，培養(yǎng)各種農(nóng)業(yè)專(zhuān)門(mén)人才，期與農(nóng)民通力合作，蔚成農(nóng)村立國(guó)”為新的辦學(xué)宗旨。1928年，國(guó)民政府改北京為北平，實(shí)行大學(xué)區(qū)制，將北京國(guó)立九校合并組建國(guó)立北平大學(xué)，農(nóng)大旋即改為國(guó)立北平大學(xué)農(nóng)學(xué)院。
1937年抗日戰(zhàn)爭(zhēng)全面爆發(fā)后，北平大學(xué)遷往西安，與北平師范大學(xué)和北洋工學(xué)院等院校組成西安臨時(shí)大學(xué)。1938年，國(guó)民政府教育部以“發(fā)展西北高等教育，提高邊省文化”為由，命令西安臨時(shí)大學(xué)南遷漢中，改為國(guó)立西北聯(lián)合大學(xué)，臨時(shí)大學(xué)農(nóng)學(xué)院改為西北聯(lián)大農(nóng)學(xué)院。同年7月，西北聯(lián)大農(nóng)學(xué)院與國(guó)立西北農(nóng)林專(zhuān)科學(xué)校合并，組建國(guó)立西北農(nóng)學(xué)院。
1946年10月，北京大學(xué)在北平復(fù)學(xué)，于原北平大學(xué)農(nóng)學(xué)院院址重建農(nóng)學(xué)院，作為北平大學(xué)農(nóng)學(xué)院的恢復(fù)和延續(xù)。北京大學(xué)農(nóng)學(xué)院匯聚了一大批學(xué)界才俊，并建立起比較完善的院系體制，為當(dāng)時(shí)全國(guó)農(nóng)業(yè)院校之冠，其中，土壤肥料學(xué)系和獸醫(yī)學(xué)系更是國(guó)內(nèi)僅有。
1949年7月，輔仁大學(xué)農(nóng)學(xué)院并入北京大學(xué)農(nóng)學(xué)院。
